两者的比较应从整个系统来进行对比才合理。构成穿梭车储存系统的主要设备包括穿梭车，货架，提升机，库前输送机，软件系统等几个方面。一般情况下，四向穿梭车的单机价格要高于多层穿梭车，但四向穿梭车利用率高，实际需要的数量要少，配套的提升机数量也要少；货架方面，两者大致相当，四向穿梭车货架略贵；库前输送机多层穿梭车要复杂一些；软件则四向穿梭车要复杂得多。综合比较两者之间的差异要根据具体项目才能确定。

四向穿梭车解决了多层穿梭车不能横向移动和换层的问题，这也是四向穿梭车最大的特点。因此也决定了四向穿梭车具有更大的应用范围和更大的灵活性。尽管多层穿梭车目前也采用了可换层技术，但由于不能横向移动的原因，在灵活性方面还是有很大的限制。比如提升机的布置和输送系统的布局，四向穿梭车可以根据具体应用需求，灵活布置，而多层穿梭车则只能每个巷道布置一套提升机系统，这在很多场合限制了设计的灵活性。

四向穿梭车由于其具有4个方向的移动能力，其适应场地的灵活性大大增加，有些不规则的场地也可以得到充分利用，这是多层穿梭车所无法比拟的。一方面可以大幅度提升空间利用率，另一方面，在许多老旧仓库改造中，四向穿梭车具有更高的适应能力。

虽然四向穿梭车有很多优点，但也有一些缺点。比如说对货架的要求，四向穿梭车由于有横向轨道的要求，因此对货架的精度要求更高，对安装精度的要求也更高，由此将会导致安装工期和成本的增加；又如，四向穿梭车对调度系统的依赖，无疑增加了系统实施的难度，也提高了技术门槛，增加了成本；此外，从维护角度看，由于四向穿梭车在巷道中的位置不定，横向轨道限制了维护人员进入货架内部的道路，因此一旦出现问题，维修难度增加，反过来对总体设计提出限制要求，对小车和系统的可靠性要求大大增加，无疑限制了它的推广。这都是要注意的问题。了解穿梭车密集存储解决方案。